Az egykori Pannónia provincia adta annak a hegynek a nevét (mons Pannonia), amelyen a Szent Márton nevét viselő monostor épült, s amely hamarosan "Szent Hegy" (Mons Sacer) lett. A bencés apátságot Géza fejedelem alapította 996-ban. Fia Szent István a második évezred kezdetén látta el birtokokkal és kiváltságokkal Az itáliai és csehországi szerzetesek kezdték meg a közösségi életet, a közös imádságot, a bencésekre jellemző lelkipásztori és kulturális munkát. A monostor tagjai minden nap imádkoznak Magyarország sértetlenségéért.
Az ezeréves szerzetesközösség és épületei együtt éltek és együtt szenvedtek hazánkkal. Az első épületek elpusztultak, de ezeken az alapokon újult meg többször is a templom és a monostor. A nyugati apszis valószínűleg az első templomból való, a falak lényegében az 1137-ben felszentelt templom falai, az oszlopok és a korai gót boltozat a XIII. század első negyedében épült fel. A török kor pusztításait 1700 körül barokk stílusban hozták rendbe, a monostor jelentős része ekkor épült, benne a refektóriummal. A XIX. század első évtizedeiben építették a klasszicista tornyot és a könyvtár épületét, XX. századi a gimnázium és a diákotthon olaszos jellegű épülete.
A modern főkapun belépve jobbról a főapátság barokk épülete, balról a gimnázium és diákotthon oszlopos bejárata fogad bennünket. A főapátságban több mint 40 szerzetes él, az iskolában tanuló fiúk száma 320 körül mozog. Az udvaron tovább sétálva jutunk a belső udvarba, a neoklasszicista homlokzat már a középkori épületrészt takarja.
A bazilika rangot élvező apátsági templomban román, korai gót, késői gót és reneszánsz részek vannak, ezeket a XIX. századi restaurálás igyekezett egymással összhangba hozni. A templom déli oldalához simuló késő-gótikus keresztfolyosót (1486) a monostor legértékesebb építészeti-szobrászati alkotása, a Porta Speciosa, az Ékes kapu köti össze a templommal. A kerengő
Apátság belső
közelében van a barokk ebédlő és itt található a Főapátsági Levéltár is, amely olyan értékes dokumentumokat őriz, mint például a legrégibb magyar és finn-ugor írott nyelvemlék, a tihanyi apátság alapító oklevele, vagy az 1090 körül kiadott pannonhalmi összeíró-levél az első magyarországi könyvjegyzékkel. Az apátság XIX. századi klasszicista könyvtára mintegy 350 ezer kötetével Európa egyik leggazdagabb kolostori könyvtára. A gyűjtemény legértékesebb darabjai az ősnyomtatványok és kódexek. Kézirattára a magyar egyházi és világi kultúra sok páratlan értékével büszkélkedik.A főapátság gyűjteményei éremtárra, kőtárra, metszetgyűjteményre és képtárra tagozódnak. A könyvtár alatt fekvő kiállító térben ezekből rendezett be a főapátság állandó kiállítást. A nyári hónapokban a Bazilika orgona-hangversenyeknek ad otthont.
A főbejárattal szemben arborétum található, ahol majd' 400 növényfajt gondoznak. A közeli kilátóról szétnézve a Pannonhalmi Tájvédelmi Körzet dimbes-dombos vidékében gyönyörködhetünk. Az ezeréves Főapátság egy része helyi tárlatvezetővel megtekinthető. A istentiszteletek ideje alatt a Bazilikában a vezetés szünetel.